Sur le plan pratique différentes étapes précèdent le diagnostic bactériologique. La qualité du diagnostic est étroitement liée à ces étapes.

Etapes préliminaires au diagnostic bactériologique

La prescription.

Les 3 protagonistes le patient, le prescripteur, la maladie.

Les motifs de prescription

Aide pour établir un diagnostic : positif/ différentiel.

Aide au choix des antibiotiques. : probabilité, orienté ou modifié.

Recherche du portage, de la persistance de la bactérie.

L'ordonnance.

Identification du prescripteur.

Identité du patient

Le nom, la profession, l’âge et l’origine sont importants.

Ces trois derniers renseignements sont utiles à la qualité de l'analyse et à la validation des résultats.

Le but de l'analyse

Demande d'un examen bactériologique de...

Diagnostic d'une infection x

Suivi de traitement, contrôle après traitement.

Recherche de la bactérie : elle est nommément désignée.

Précision de la nature des symptômes pathologiques

Localisation des lésions infectieuses

Date d'apparition

Etat physiologique du patient

Existence d'affections associées

Séjour en pays d'endémie

Evoquer le risque d'infection ou de colonisation (ex : brucellose, tuberculose, shigela).

Traitement éventuel pouvant interférer avec l'examen prescrit (ex : ab, anticoagulants...)

Le degré d'urgence.

Le prélèvement

Il s'agit d'un acte clé puisque de sa qualité va dépendre celle du diagnostic.

Le prélèvement est un acte médical : les personnes qui prélèvent mais qui ne seraient pas du corps médical doivent se munir d'une habilitation.

Conditions

Le prélèvement doit être précoce, et réalisé avant l'administration d'antibiotique. Le volume de prélèvement doit être suffisant.

Exception : les méningites à méningocoques accompagnée ±de purpura fulminans doivent faire l'objet d'une administration d'antibiotique à domicile.

Nature du prélèvement.

1) Avec un écouvillon stérile pour : les téguments, les muqueuses.

2) Ponction :

D'un liquide au niveau d'une séreuse. D'un hématome De la suppuration d'un organe D'un abcès non fîstulisé

Ex : lombaire, pleural, articulaire, abdominal(ascite).

3)Sang pour hémoculture

4) Biopsie : superficielle (pratiquée par tout médecin) ou profonde (chirurgicale).

5) Grattage.

6) Prélèvement des interventions chirurgicales.

7) Cathétérisme.

8) Utilisation d'une sonde (ex : urinaire).

9) Sécrétions naturelle : urines, sécrétions bronchiques

Précautions.

Ne pas infecter le patient.

Ne pas contaminer le prélèvement : pour cela, on peut utiliser un cathéter et une brosse qui récolte les sécrétions bronchiques, et que l'on garde à l'abri de la flore buccale et pharyngée.

Recueil.

Il se fait dans un récipient approprié : flacon ou tube stérile + lame destinée à une coloration.

Il faut un milieu de transport approprié.

Il faut identifier : le nom, la date, l'heure (ces trois premiers éléments sont liés à la traçabilité ), la nature du prélèvement, le site du prélèvement, et l'identité du préleveur.

Conditions de conservation et de transport.

On doit redouter la dessiccation et le froid.

L'acheminement doit être fait en moins de 30 min, ou mieux directement au laboratoire (dans tous les cas, moins de 2 heures).

Les milieux de transport permettent une meilleure conservation, et d'allonger ce délai, (il peut en exister des spécifiques à la recherche effectuée).

Le diagnostic direct au labo

Macroscopique.

On examine à l'œil nu des crachats purulents, diarrhées, LCR troubles, urines

troubles...

Ce type de diagnostic est assez limité, puisqu'il ne permet souvent que de suspecter une infection bactérienne.

Microscopique.

A l'état frais.

Il donne des renseignements sur la forme, la mobilité.

Après coloration (simple, Gram, Ziehl...)

Réalisable sur de nombreux prélèvements, elle permet la mise en évidence des cellules, mais ne permet pas d'examen cytologique fin (il faut des colorations spéciales).

Dans certaines situations, seul cet examen est réalisable, car la bactérie ne peut être

mise en culture.

Ex : le Tréponème pâle (Microscope à fond noir, à l’état frais).

Le bacille de la Lèpre : mycobactérie plus ou moins reconnue après coloration de Ziehl (AAR) Angine de vincent : association de bactéries dites fuso-spirillaires (bactéries fusiformes + spirales).

Recherche d'antigènes solubles.

Les bactéries avec capsule polysaccharidique relarguent des antigènes. On peut retrouver ces Antigènes :

Dans le LCR :méningocoques, pneumocoques, Haemophilus Influenzae.

Dans le sang :idem.

Les urines : legionella +++

Mise en culture.

Choix du milieux de culture.

D'où l'intérêt de préciser la bactérie à rechercher, puisqu'il existe des milieux adaptés à chaque type de bactérie.

Ces milieux peuvent être :solide, liquide, sélectifs, d'enrichissement, spéciaux.

Recherches obligatoires.

Certaines bactéries sont systématiquement recherchées sur tous les prélèvements.

Résultats.

On obtient des colonies.

L'identification se fait par mise en évidence de : Propriétés biochimiques. Antigènes.

Produits sécrétés (toxines...) Sensibilité aux bactériophages ( = lysotypie). Marqueurs moléculaires.

On aboutit ainsi à l'identification de la bactérie, ce qui conduit parfois au diagnostic (ex : brucella et brucellose ; ceci est moins évident dans le cas d'autres bactéries).

Délai.

Délai habituel : 48 h.

On peut donner une suspicion en 24 heures (en fait, à valeur de résultat) ; parfois même dès l'examen microscopique.

Si la culture est lente et qu'il faut un enrichissement du milieux de culture, le délai peut être de 3 à 4 jours

Ex : bacille tuberculeux (10 j), Colibacille d'une infection urinaire(24h).

L'antibiogramme.

1)   Selon la souche.

2)   Selon la localisation de l'infection.

En effet, selon les contextes cliniques, on aura un choix d'antibiotiques à tester.

3)   But : on recherche une sensibilité, des résistances éventuelles.

M /S"

Autres études.

Détermination de la CMI d'un AB sur la souche bactérienne.

Ex : pneumocoque qui provoque une méningite ; on recommande de déterminer la CMI des AB utilisés dans le traitement pour s 'assurer de la réelle sensibilité de la souche.

Le diagnostic indirect

Principe

recherche de la réponse de l'organisme à l'infection.

Technique.

Mise en évidence de la réponse humorale

recherche d'anticorps par test sérologique.

Conditions.

Tenir compte du délai d'apparition des anticorps. Tenir compte de la cinétique d'évolution des anticorps.

Il faut le sérum le plus précoce possible ; les anticorps peuvent ne pas être présents. D'où la nécessité d'un deuxième sérum plus tardif : on cherche l'apparition de nouveaux anticorps, l'augmentation des Anticorps dans le sérum, si cette augmentation est significative...

Autres méthodes

Le diagnostic In Situ.

1)   Anticorps fluorescents.

2)   HIS avec sondes marquées : + amplification.

Ex : bacille tuberculeux (méthode plus rapide que les 10 j en milieu liquide).

3)   Amplification génique.

Ex : recherche de Clamydia au niveau d'un prélèvement urétral.

Surveillance du traitement antibiotique.

Test spécifique

avec antibiotique et sérum du patient.

Dosage d’antibiotique

Au niveau du pic de la première prise : on test l'activité de l'AB.

Au niveau de la vallée (avant le pic de la prise suivante) : on apprécie la Concentration Résiduelle, et la Toxicité de l’antibiotique si cette concentration est élevée.