L'intestin respiratoire est représenté par le pharynx et l'œsophage.

Pharynx

Le pharynx est une large dilatation de l'intestin céphalique ; nous avons vu comment le pharynx se forme et comment il arrive à communiquer avec la fosse bucco-nasale ; nous avons précisé ses rapports avec l'appareil branchial. Rappelons seulement que les fosses nasales, que les trompes d'Eustache et que le larynx y débouchent.

Oesophage

Etendu de la dilatation pharyngienne à la poche stomacale, l'œsophage est originellement très court. A partir du 2^ème mois, il s'allonge dans des proportions considérables et parcourt la partie inférieure du cou, le thorax et la partie supérieure de l'abdomen. Dans le thorax, il est relié à la paroi antérieure et à la paroi postérieure du tronc par deux mésos.

Annexes et dérivés de l'intestin respiratoire

L'appareil respiratoire constitue le dérivé le plus important et le plus caractéristique de l'excavation pharyngienne ; il sera examiné dans un chapitre spécial, en raison de son importance. Outre l'appareil respiratoire, l'intestin céphalique édifie une série d'annexés «et de dérivés.

Amygdales palatines

Les amygdales palatines se développent, au 3^ème mois, aux dépens de la 2^ème poche branchiale. Cette poche se déprime en une fossette dont l'orifice est une fente, oblique de bas en haut et d'arrière en avant. De cette fossette procèdent une série de diverticules creux qui, au 4^ème  mois, émettent des bourgeons épithéliaux pleins. Ces bourgeons, d'abord très nets, voient leurs limites s'estomper, parce qu'ils sont pénétrés par des éléments mésodermiques (Stöhr) ou parce qu'ils se transforment en tissu conjonctif (Retterer). Après la naissance, ces bourgeons ont perdu leurs connexions avec l'épithélium pharyngien. Ils ont l'aspect de follicules clos et sont épars dans une nappe de tissu lymphoïde, que des cloisons conjonctives fragmentent en lobules.

A 30 ans, l'amygdale s'atrophie: elle évolue en tissu fibreux; ses follicules disparaissent et présentent tous les signes de la dégénérescence graisseuse (Retterer).

Les autres amygdales présentent une évolution analogue. ,

Bourse pharyngienne

La bourse pharyngienne est un diverticule épithélial inconstant, dont le fond adhère à la corde, en voie de régression (3^ème mois). Elle s'ouvre à côté ou au fond d'une dépression transversale (récessus médian du pharynx), déterminée par les adhérences que contracte la paroi dorsale du pharynx avec le ligament occipito-pharyngien.

Glande thyroïde

La thyroïde, comme le thymus, est une annexe de l'appareil branchial. Elle est uniquement constituée par la thyroïde médiane ; elle apparaît (E. H. 3 mm.) comme un bourgeon médian, développé en regard de la 2^ème poche. Plus tard, ce bourgeon se trouve reporté sur le plancher buccal ; son orifice répond au foramen cœcum.

Sur l'embryon de 4 mm, le bourgeon est creux ; sur l'embryon de 6 mm, il s'allonge d'arrière en avant et de haut en bas ; son pédicule plein (cordon thyréoglosse) va se détacher de l'épithélium lingual ; la thyroïde est bilobée à son extrémité distale, qui s'enclave entre les deux branches de bifurcation du bulbe aortique. Sur l'embryon de 14 mm, la glande a l'aspect d'un croissant à concavité supérieure ; un réseau de cordons épithéliaux pleins (cordons primitifs) la constitue. Puis (E. H. 26 mm), à l'union de l'isthme et du lobe gauche, se détache la pyramide de Lalouette qui remonte parfois en arrière de l'os hyoïde. Pendant le 3^ème mois, le réseau de cordons primitifs bourgeonne, en donnant naissance à des cordons secondaires ; au début du 4^ème mois, les premières vésicules Se différencient, à la périphérie de la thyroïde. Vers le 6^ème mois, des cloisons conjonctivo-vasculaires abordent la glande et la décomposent en lobules ; le colloïde fait son apparition. A la naissance, la thyroïde ressemble à la thyroïde de l'adulte, à la taille des vésicules près.

Le pédicule de la thyroïde persiste parfois, comme un cordon, plein ou creux, continu ou fragmenté, qui passe au-devant de l'os hyoïde.

Quant aux thyroïdes accessoires, on les observe autour de l'os hyoïde, au-devant du larynx ou au-dessus de l'aorte ; elles procèdent du canal thyréo-glosse ou de la thyroïde elle-même.

Thymus

Par sa, portion ventrale, la 3^ème poche branchiale fournit l’ébauche du thymus, et son épithélium laisse parfois des résidus kystiques dans la masse de cet organe.

Le thymus se porte d'abord en bas et en avant. Il se détache du pharynx auquel il est relié par le canal pharyngo-thymique, pendant que son extrémité caudale bourgeonne, en passant au-devant de la 4^ème poche, en arrière (E. H. 14 mm), puis au-dessous (E. H. 16 mm) de la thyroïde médiane. Le thymus, qui a entraîné à sa suite les glandules thymiques, est alors un tube borgne, à parois épaisses ; sa cavité est réduite à un croissant à concavité antéro-externe (E. H. 24 mm). Ce tube se transforme bientôt en un cordon plein, qui côtoie la face interne des veines cardinales supérieures. Son extrémité distale passe au-devant du tronc veineux brachio-céphalique, et, plus bas, au-devant du péricarde. Thymus droit et gauche se fusionnent en une masse unique, du 20^ème au 40^ème jour; puis l'organe ou sont apparus des bourgeons pleins, comparables aux acini d'une glande en grappe, se trouve fragmenté en lobules, par des travées conjonctivo-vasculaires (E. H. 29 mm). Au 3^ème mois, le tissu épithélial du thymus disparaît, transformé en tissu réticulé ou envahi par le tissu lymphoïde voisin. Echappent à cette évolution : 1° les cellules qui, à la fin de la gestation, se groupent en corpuscules de Hassal ; 2° les myoïdes ; ces derniers se désagrègent en mettant en liberté leurs disques sombres.

Le thymus entre en régression à la puberté. Ses résidus se retrouvent parfois, à un âge avancé, au milieu du tissu adipeux qui constitue alors le thymus.

Les thymus accessoires sont des lobes erratiques du thymus ; dans certains cas, ils se développent isolément, aux dépens de la 3^ème poche, comme le thymus.

Parathyroïde inférieure (glandule thymique)

Issue de la portion dorsale de la 3^ème poche, sous l'aspect d'un nodule sphérique (E. H. 8 mm), la parathyroïde externe accompagne le thymus dans sa descente, avant de s'accoler à la surface de la thyroïde médiane, à l'union de l'isthme et des lobes latéraux (face postérieure). On la trouve à côté de grains (grains thymiques) et de vésicules ciliées.

Parathyroïde supérieure (glandule thyroïdienne)

La parathyroïde interne procède de la portion dorsale de la 4^ème poche (E. H. de 8 à 12 mm) ; c'est un corpuscule sphérique qui, né au-dessous de la parathyroïde externe, est déjà situé au-dessus d'elle, chez l'embryon de 16 mm. A la fin du 2^ème mois, l'organe est abordé par les vaisseaux sanguins et ses éléments ont perdu leur aspect étoile; ils se groupent en cordons (6^ème mois) que séparent des travées conjonctives. Cette parathyroïde est généralement située dans l'épaisseur de la thyroïde, près de la face interne de la glande.

Thyroïde latérale

Née de la portion ventrale de la 5^ème poche, dont elle se sépare ensuite, la thyroïde latérale ne contribue pas à former la thyroïde de l'adulte (Nicolas, Soulié et Verdun) Elle constitue des kystes arrondis ou polycycliques, ou des amas épithéliaux polymorphes (boyaux, lobules), creusés de cavités. On l'homologue aux corps post-branchiaux, aux corps supra-péricardiques des Sauropsidés.