La détection des mutations somatiques est une pratique obligatoire pour la définition thérapeutique en oncologie de précision.

Cependant, les protocoles de détection de mutations somatiques utilisent l'ADN de tissus tumoraux fixés au formol et inclus dans la paraffine (FFPE), ce qui peut entraîner la détection d'artefacts de séquence non reproductibles, en particulier de transitions C: G> T: A, dans l'ADN. Dans des études récentes, le prétraitement de l'ADN avec l'ADN glycosylase de l'uracile (UDG), une enzyme impliquée dans la réparation de l'excision de la base, a considérablement réduit le nombre d'artéfacts d'ADN après la détection de la mutation par séquençage de nouvelle génération (NGS) et par d'autres méthodes, sans affecter la capacité de détection. de vraies mutations. Cette étude visait à évaluer les effets du prétraitement enzymatique UDG sur la réduction du nombre d'artefacts de séquençage d'ADN à partir d'échantillons tumoraux FFPE, afin d'améliorer la précision des tests génétiques dans la routine de diagnostic moléculaire.

Méthodologie

Nous avons sélectionné 12 échantillons de tumeur FFPE (10 mélanomes, 1 poumon et 1 échantillon de tumeur colorectal) avec des durées de conservation différentes. Nous avons comparé les résultats de séquençage d'un groupe de gènes de banques NGS à 16 points chauds préparé avec des échantillons traités et non traités à l'UDG.

Résultats

Tous les échantillons traités par UDG ont montré une réduction importante du nombre total de transitions (réduction moyenne de 80%) et du rapport transition / transversion (réduction moyenne de 75%). De plus, la plupart des artefacts de séquence présentaient une fréquence d'allèle variant basse (VAF <10%) qui sont éliminés avec le traitement par UDG.

Conclusion

Le traitement enzymatique UDG avant l’amplification multiplex dans le flux de travail NGS a permis de réduire de manière significative le nombre de variants artefacts détectés dans les échantillons FFPE. Ainsi, l'inclusion de cette étape supplémentaire dans la méthodologie actuelle devrait améliorer le taux de détection des mutations vraies dans la routine de diagnostic moléculaire.

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