La perturbation du microbiote humain peut expliquer plusieurs pathologies. Pourtant, nous n'avons pas une compréhension globale de la façon dont le mode de vie influe sur la dynamique des communautés microbiennes associées aux humains.

Résultats

Ici, nous relions plus de 10.000 mesures longitudinales du bien-être humain et de la dynamique d'action quotidienne du microbiote intestinal et salivaire de deux personnes au cours d'un an. Ces séries chronologiques montrent des communautés microbiennes  stables pendant des mois. Cependant, des événements rares dans la vie de chacun des sujets ont rapidement et largement touché la dynamique du microbiote. Le voyage de pays développés vers des pays en voie de développement a conduit à une augmentation de près du double de la ration des Bacteroidetes et Firmicutes, qui s’est inversée au retour. Les infections entériques chez l'autre sujet ont donné lieu à une baisse permanente de la plupart des taxons bactériens intestinaux, qui ont été remplacés par des espèces génétiquement similaires. Pourtant, même pendant les périodes de stabilité de l'ensemble de la communauté, la dynamique de la sélection des taxons microbiens pourrait être associée à des comportements spécifiques de l'hôte. Le plus probant, les changements dans l'apport de l’hôte en fibres a été positivement corrélé avec les changements abondants parmi 15% des membres du microbiote intestinal.

Conclusions

Nos résultats suggèrent que, bien que les communautés microbiennes associées aux humains soient généralement stables, ils peuvent être rapidement et profondément modifiés par les activités humaines courantes et les expériences.

Cet article est une traduction de "Host lifestyle affects human microbiota on daily timescales" sous licence CCA.