L'émergeance de nouveaux virus est liée à l'évolution virale, le changement de niche écologique, la modification de l'environnement, le bioterrorisme...
Evolution virale
Les virus possèdent des capacités intrinsèques d'évolution.
- la productivité virale . Le VIH produit 109 virus/jour.
- la diversité virale: les mutations à un taux de 10-4 pour un virus à ARN et 10-9 pour les virus à ADN.
- les recombinaisons : les recombinants dérivent d'un ancêtre commun.
- les réassortiments génétiques.
- la sélection.
Modification de l'environnement
- Les changements climatiques peuvent agir sur l'influence des vecteurs qui sont les moustiques (ou tiques , rongeurs).Chaque virus a un vecteur particulier.
- Changements de mode de vie: l'urbanisation dans les bidonvilles où il y a de mauvaises conditions d'hygiène (eaux usées dans les pneus où il y a beaucoup de moustiques).
- Les voyages intercontinentaux d'hommes et d'animaux d'élevage.
- La déforestation (Amérique du sud) : les hommes rentrent en contact avec le virus des singes.
- L'accroissement de l'hygiène .Au XIXème siècle , les enfants rencontraient le virus de la polio dès la naissance donc ils étaient immunisés. Au XXème siècle , les virus de l'environnement sont en quantité moins importante donc les hommes rencontrent le virus plus tard et ne sont plus protégés par les anti-corps maternels.
Changement de niche écologique
Infection d'une population native par un virus issu d'une même espèce
- la variole où les survivants ont contracté la rougeole
- la fièvre jaune comme les colons à Philadelphie 1793
- la construction du canal de Panama
Infection par un virus issu d'une autre espèce
Par exemple les rotavirus ; le calcicivirus chez les mammifères marins, donne des diarrhées aiguës chez l'Homme
1999: virus Hendra en Malaisie donne une encéphalite hémorragique ou le West Nile à New-York.
2000: virus Lassa , deux cas importés de la Cote d'Ivoire à Hambourg et de la Sierra Leone à Londres, la Dengue