Le carcinome hépatocellulaire est une maladie hétérogène avec un taux de mortalité élevé.
Les études génomiques récentes ont identifié TP53, AXIN1 et CTNNB1 comme les gènes les plus fréquemment mutés. Des mutations de moindres fréquences ont été signalées sur ARID1A, ARID2 et JAK1. En outre, les virus de l'hépatite B (VHB) intégration dans le génome humain ont été associés au carcinome hépatocellulaire.
Résultats
Nous avons effectué un séquençage approfondi de 42 patients atteints du carcinome hépatocellulaire avec une combinaison de génomes entiers, d’exomes et de transcriptomes séquencés pour identifier le l’environnement mutationnel du carcinome hépatocellulaire en utilisant une assez grande cohorte de découverte. Nous avons trouvé des mutations fréquentes sur TP53, CTNNB1 et AXIN1, et des mutations rares, mais probablement fonctionnelles sur BAP1 et IDH1. Outre les fréquentes intégrations du virus de l'hépatite B à TERT, nous identifions des translocations aux limites de TERT. Une nouvelle délétion a été identifiée sur CTNNB1 dans une région qui est fortement mutée dans plusieurs cancers. On trouve aussi des mutations multiples à haute fréquence alléliques dans le LAMA2 extracellulaire de la protéine de la matrice. Les niveaux inférieurs d'expression de LAMA2 entrent en corrélation avec une signature proliférative, et la prédiction d’une faible survie et plus de chances de récidive du cancer chez les patients atteints du carcinome hépatocellulaire, ce qui suggère un rôle important de la matrice extracellulaire et de l'adhésion cellulaire dans la progression tumorale d'un sous-groupe de patients atteints par le carcinome hépatocellulaire.
Conclusions
La maladie hétérogène du carcinome hépatocellulaire dispose de divers modes d'altérations génomiques. En plus des mutations ponctuelles, des variations de structures communes et des changements de méthylation, il existe plusieurs changements associés au virus, y compris des perturbations ou activations du gène, la formation de transcrits viraux chimériques humains, et des changements du nombre de copies d’ADN. Une telle multitude d'événements génomiques contribue probablement à la nature hétérogène du carcinome hépatocellulaire.
Cet article est une traduction du résumé de "Diverse modes of genomic alteration in hepatocellular carcinoma" sous licence CCA.
